Zanieczyszczenia mikrobiologiczne to materiały zakaźne, takie jak bakterie, pleśnie, grzyby i wirusy. Te zanieczyszczenia, które często znajdują się w żywności i wodzie, mogą powodować poważne choroby.
Jednym z najczęstszych zanieczyszczeń mikrobiologicznych są bakterie Escherichia coli lub E. coli. Niektóre odmiany E. coli występują naturalnie w organizmie, ale szczep znany jako E. coli O157: H7 powoduje ciężkie wymioty, biegunkę i skurcze brzucha. Zakażenia E. coli O157: H7 powstają w wyniku spożycia skażonej żywności lub wody. Infekcje mikrobiologiczne należy natychmiast leczyć antybiotykami lub lekami przeciwwirusowymi. Nieprzestrzeganie tego może doprowadzić do stanów zagrażających życiu, takich jak niewydolność nerek i uszkodzenie wątroby.