Zarówno protony, jak i neutrony znajdują się w jądrze atomu. Trzeci typ cząsteczki, który posiada atom, elektrony, znajduje się w orbitali poza jądrem.
Jądro jest najgęstszą częścią atomu. Zarówno neutrony, jak i protony mają znaczną masę, podczas gdy elektrony są praktycznie bezmasowe. Model ten został odkryty w wyniku eksperymentu z użyciem złotej folii w 1911 r. Autorstwa Ernesta Rutherforda. Neutrony nie mają opłat, a proton ma ładunek +1. Podobnie, elektrony mają ładunek -1. Każdy atom ma ogólny ładunek, który można określić przez odjęcie ilości elektronów od protonów.