Zamrażanie żywności lub innych przedmiotów nie zabija wszystkich bakterii lub innych mikroorganizmów. Temperatury zamarzania mogą zabić niektóre bakterie, a zimno zapobiega wzrostowi i rozmnażaniu bakterii, o ile temperatura pozostaje poniżej zera ; jednak przywrócenie żywności do temperatury pokojowej pozwala bakteriom się obudzić i rozpocząć mnożenie jeszcze raz.
Gotowanie jedzenia jest jedną z metod niszczenia bakterii. Różne poziomy ciepła zabijają różne mikroorganizmy, dlatego kurczaki, wieprzowina i wołowina muszą być gotowane do określonej temperatury, aby żywność była bezpieczna. Gotowanie nie niszczy toksyn pozostawionych przez rozwój bakterii, więc po prostu gotowanie jedzenia, które zostało pozostawione w temperaturze pokojowej zbyt długo, nie czyni go bezpiecznym do jedzenia.
Inną metodą zabijania bakterii na pożywieniu jest usuwanie wody niezbędnej do przeżycia bakterii. Solenie żywności może uwolnić wilgoć, czyniąc żywność niegościnną dla bakterii. Odwodnienie i liofilizacja to inne metody usuwania wilgoci i konserwowania żywności.
Bakterie też nie lubią środowisk kwaśnych. Wytrawianie żywności wymaga konserwacji w kwaśnej kąpieli, a jeśli utrzyma się odpowiednią kwasowość, zapobiega przedostawaniu się bakterii do żywności lub jej wzrostowi, dopóki środowisko pozostaje pod kontrolą.
