Chlorek berylu jest cząsteczką niepolarną. Kształt BeCl2 jest liniowy, a centralny beryl wiąże się po obu stronach z atomem chloru. W związku z tym elektroujemności atomów chloru znoszą się, pozostawiając niepolarną cząsteczkę.
Chlorek berylu jest przykładem cząsteczki z niedoborem elektronów, ponieważ atom berylu ma tylko cztery elektrony, podczas gdy atomy w większości kowalencyjnych cząsteczek mają osiem. Zwykle atomy, takie jak beryl umiejscowiony w pierwszej lub drugiej grupie na układzie okresowym tworzą wiązania jonowe, co pozwala im osiągnąć konfigurację gazu szlachetnego bez współdzielenia elektronów. Jednak beryl jest znacznie bardziej elektroujemny niż większość atomów w tych grupach, dlatego tworzy wiązania kowalencyjne.
