System encomienda był feudalistyczną strukturą rządzącą, w której rdzenni mieszkańcy Ameryki Południowej i Środkowej byli przywiązani do ziemi kierowanej przez encomiendero. Tubylcy mieli zapewniać pracę i hołd, podczas gdy encomiendero miało chronić i wychowywać je w chrześcijańskich aspektach. W rzeczywistości tubylcy byli wykorzystywani i zniewoleni.
Kiedy konkwistadorzy przedstawili koronę hiszpańską podbitym nowym gruntom, przedstawili także dylematy: jak zarządzać ogromnym nowym terytorium bez ustanawiania konkurencyjnego rządu. Hiszpański król postanowił stworzyć ogromne posiadłości ziemskie, które zostaną przedstawione konkwistadorom, nagradzając je, jednocześnie tworząc zdecentralizowaną strukturę rządzenia, odpowiedzialną przede wszystkim za króla. Niestety konkwistadorzy nie byli dobrymi właścicielami ziemskimi, ale brutalnymi żołnierzami, którzy niewiele dbali o rdzennych mieszkańców.
Nadużycia powstały szybko. Tubylcy byli zmuszani do pracy na polach lub kopalniach encomienderos, bez względu na jakiekolwiek wcześniejsze umiejętności czy pozycję społeczną. Ci, którzy uciekli, byli ścigani, zabijani lub torturowani. Jeśli zbiory się nie powiodą, tubylcy powinni składać hołd lub spotkać się z surową karą, która może doprowadzić do śmierci. Warunki górnicze były przerażające. Hiszpańscy nadzorcy nie przejmowali się, jak wielu tubylców zginęło, zdobywając złoto i rtęć, o ile je otrzymali. Nawet księża obdarzeni encomiendas padali ofiarą korupcji, często żyjąc z rodowitymi kobietami i angażując się w tego samego rodzaju tortury, co konkwistadorzy. Po kilku dziesięcioleciach hiszpański król przeszedł Nowe Prawa, co doprowadziło do niemal tak samo agresywnego systemu repartimiento, który sprawił, że niegdysiejsze encomiendas podlegały bezpośrednio koronie.
