Jaguary są zagrożone wyginięciem, ponieważ ich naturalne siedliska stopniowo znikają z powodu ingerencji człowieka. Jednak liczba jaguarów zmniejsza się także dlatego, że ranczowie zabijają ich jako zagrożenie dla swoich zwierząt, a kłusownicy polują je na futra. Chociaż większość krajów, w których występują naturalne siedliska jaguarów, od Stanów Zjednoczonych po Argentynę, zakazuje polowań na jaguary, ich liczba wciąż spada.
Głównym powodem wyczerpywania światowej populacji jaguara jest utrata siedlisk. Większość jaguarów żyje w gęstym lesie deszczowym dżungli amazońskiej, ale las szybko znika z powodu oczyszczania się z ludzkich osad. Ludzie zrównują drzewa do hodowli bydła, plantacji kauczuku, hodowli kakao i budowy ludzkich mieszkań. Często fragmenty dżungli odkładane jako rezerwy nie dają jaguarom wystarczającej przestrzeni do rozwoju. Kiedy ich naturalna zdobycz znika, jaguary atakują bydło i inne zwierzęta. W odwecie wielu właścicieli zwierząt gospodarskich zatrudnia pełnoetatowych myśliwych, którzy zestrzeliwują jaguary. Dodatkowo, pomimo międzynarodowych zakazów polowania, sprowadzania i sprzedaży futra z jaguara, ich skóry nadal są poszukiwane.
Od lat 60. XX w. podjęto znaczne wysiłki na rzecz ochrony jaguara. W 1973 r. Konwencja o międzynarodowym handlu dzikimi gatunkami zagrożonymi gatunkami ostro ograniczyła sprzedaż skór. Wysiłki na rzecz ograniczenia ingerencji człowieka w siedliska jaguara obejmują tworzenie nowych sanktuariów, ekoturystyki i edukacji hodowców bydła. Takie działania były jednak nieskuteczne w zmniejszaniu stałego zmniejszania się liczebności gatunku.
