Kształt cząsteczki jest ważny, ponieważ jest to funkcja, która często decyduje o losie związku w odniesieniu do interakcji molekularnych. Metody farmakologiczne zaobserwowały również, że określenie kształtu cząsteczkowego jest ważne w odkrywaniu leków, wirtualnym badania przesiewowe i toksykologia predykcyjna.
Kształt cząsteczki określa sposób jej zachowania w przyrodzie, a kształty molekularne są opisane za pomocą terminologii geometrycznej. Sam charakter cząsteczki zależy od kształtu, jak również od przesunięcia elektronów w wiązaniu. Kształt cząsteczki wpływa na fizyczne i chemiczne właściwości zaangażowanych pierwiastków.
Określenie kształtu cząsteczki jest niezbędne do zrozumienia cząsteczek w reakcjach chemicznych. Enzymy mają zdolność rozróżniania funkcjonujących grup cząsteczek poprzez rozpoznawanie kształtu. Biochemiczne szlaki wytwarzające naturalne produkty wykorzystują rozpoznawanie kształtu do selektywnego utleniania.
Rozpoznawanie kształtu chemicznego również odgrywa kluczową rolę w użyciu pięciu zmysłów. Wiele badań potwierdziło pogląd, że kształt cząsteczkowy jest ważny dla aktywności biologicznej. Kształt cząsteczkowy jest użyteczny przy opisywaniu pojedynczych cząsteczek, a także przy charakterze interakcji między cząsteczkami.
Metody obliczeniowe stosowane w farmakologii molekularnej umożliwiają szybkie porównywanie małych cząsteczek z małymi cząsteczkami z receptorami białkowymi.
