Błękit metylenowy jest używany do barwienia komórek zwierzęcych, aby jądra były bardziej widoczne pod mikroskopem. Błękit metylenowy jest powszechnie stosowany do barwienia komórek policzkowych u ludzi, wyjaśnia strona internetowa Carlton College.
Barwienie komórek jest użyteczne, ponieważ poprawia wizualizację określonych składników w komórce. Barwienie komórek można również wykorzystać do podkreślenia procesów, takich jak etapy podziału komórki. Błękit metylenowy jest szczególnie używany do barwienia komórek zwierzęcych i filmu krwi. Ta substancja barwiąca działa poprzez barwienie jąder komórek i sprawienie, że dana struktura staje się bardziej widoczna pod mikroskopem świetlnym. Każda tkanka, która może absorbować plamy i barwniki, jest określana jako chromatyczna. Bez plam, takich jak błękit metylenowy, komórki wydają się prawie przezroczyste pod mikroskopem. Rodzaj zastosowanej bejcy określa techniki i preparaty szkiełek, które należy wykonać; przykłady obejmują utrwalanie termiczne, dodanie środka utrwalającego chemicznie, traktowanie łagodnym środkiem powierzchniowo czynnym, montaż i zanurzenie w roztworze barwnika. Zieleń malachitowa, stosowana do barwienia zarodników, i jod, wskaźnik skrobi, to inne popularne barwniki stosowane w komórkach barwiących. Zaplamione preparaty można konserwować przechowując szkiełko w lodówce lub w ciemnym otoczeniu do późniejszej obserwacji pod mikroskopem świetlnym. Plamy można również stosować w transmisyjnej mikroskopii elektronowej.
