Ważne jest, aby unikać kopania agaru za pomocą pętli ze względu na wysokie ryzyko zanieczyszczenia krzyżowego pomiędzy różnymi próbkami. Zanieczyszczenie powoduje, że płytka Petriego lub płytka smugi nie nadaje się do użytku. Amerykańskie Towarzystwo Mikrobiologii stwierdza, że niewłaściwa sterylizacja w pętli również zwiększa ryzyko zanieczyszczenia.
Według Uniwersytetu Bostońskiego, nowoczesny protokół pasmowy wymaga trzech lub czterech próbek na płytce Petriego. Każdy segment wymaga nowego wymazu lub wysterylizowanej pętli. Najpopularniejszymi narzędziami do zaszczepienia agaru są waciki i metalowe pętle. Waciki bawełniane są instrumentami jednorazowego użytku, ponieważ nie są odporne na sterylizację płomieniową. Wielokrotnego użytku metalowe pętle wymagają sterylizacji po każdym użyciu.
Niektórzy naukowcy wolą używać plastikowych pętli. Przypominają one metalowe pętle, ale muszą być wyrzucane po każdej inokulacji. Metalowe igły to kolejna opcja. Podobnie jak metalowe pętle, igły wymagają sterylizacji.
Amerykańskie Towarzystwo Mikrobiologii zaleca sterylizację metalowych pętli i igieł poprzez przepuszczenie ich przez płomień palnika Bunsena, który obrócił się do najniższego ustawienia. Aby wysterylizować instrument, włóż go do jasnoniebieskiej części płomienia i przytrzymaj, aż zacznie świecić na pomarańczowo lub czerwono. Stopniowe wprowadzanie pętli lub igły do płomienia zapobiega rozpylaniu potencjalnie biologicznie niebezpiecznych płynów.
Innym skutecznym sposobem sterylizacji metalowych pętli i igieł jest umieszczenie ich w spalarce przeznaczonej do tego celu. Ta metoda sterylizacji trwa krócej niż 10 sekund. Jednak spalarka potrzebuje kilku minut na osiągnięcie temperatury roboczej.
