Wycinanie drzew poważnie wpływa na siedliska flory i fauny zamieszkującej lasy, co może ostatecznie doprowadzić do wyginięcia gatunków wrażliwych. Oprócz erozji gleby, wylesianie powoduje również, że większe ilości gazów cieplarnianych docierają do atmosfery, ponieważ drzewa nie mogą wchłonąć dwutlenku węgla po ich ścięciu.
Około 70 procent światowej fauny i flory żyje w lasach. W miarę ścinania drzew zmniejsza się populacja roślin i zwierząt, co zagraża źródle utrzymania populacji ludzkiej, która zależy od lasów pod względem żywności, lekarstw i innych produktów. W niektórych częściach Azji Południowo-Wschodniej wylesianie doprowadziło do migracji i konfliktów społecznych.
Drzewa zwykle łagodzą skutki zanieczyszczenia powietrza spowodowane emisją dwutlenku węgla i innych gazów cieplarnianych. W miarę ścięcia drzew, spalanie paliw kopalnych wymaganych do obsługi maszyn do cięcia drewna i dużych pojazdów transportowych dodatkowo pogarsza zanieczyszczenie.
Gleba traci swoją spójność i staje się podatna na wysychanie, jeśli nie ma żadnych korzeni drzew, aby ją zakotwiczyć. Kiedy to się stanie, gleba nie może wyhodować jedzenia. Poprzez erozję gleby, źródła wody, takie jak jeziora i rzeki, zostają zanieczyszczone przez muł, co obniża jakość wody i prowadzi do problemów zdrowotnych i braku wody pitnej. Wycinanie drzew także zakłóca obieg wody, ponieważ korzenie drzew zwykle gruntują wodę i uwalniają ją do atmosfery. Równowaga obiegu wody, przepływu rzeki i opadów degraduje się bez drzew.
