Według Portland Community College, bakterie faktycznie należą do dwóch królestw: Archaebacteria i Eubacteria. Archaebacteria to bakterie żyjące w najbardziej nieprzyjaznym środowisku na Ziemi, takie jak termiczne otwory wentylacyjne. Eubakterie to bardziej pospolite organizmy, takie jak te występujące w ludzkim układzie trawiennym.
Te dwa królestwa zawierają jedyne prokarioty spośród sześciu królestw życia. Prokariota to organizmy jednokomórkowe, które nie posiadają struktur zwanych organellami w ich komórkach. Wszystkie bakterie mają ściany komórkowe i są najmniejszymi komórkami wśród żywych stworzeń. Niektóre bakterie wytwarzają własne pożywienie, podczas gdy inne muszą spożywać substancje w swoim środowisku, aby przeżyć. Bakterie różnią się znacznie między sobą budową i funkcją.
