Węgiel znajduje się we wszystkich cząsteczkach organicznych w ludzkim ciele, w tym w tłuszczach, węglowodanach, kwasach nukleinowych i białkach. Węgiel znajduje się również w CO2 (dwutlenek węgla), odpadowym produkcie ciało wydychane przez płuca.
Węgiel jest drugim najbogatszym pierwiastkiem w składzie chemicznym ludzkiego ciała, drugim po tlenie. Oprócz tego, że węgiel jest podstawowym budulcem większości struktur komórkowych organizmu, węgiel obecny jest we krwi jako rozpuszczony dwutlenek węgla, kwas węglowy i wodorowęglany. W tej roli węgiel jest regulatorem pH organizmu, układu sercowo-naczyniowego i odgrywa rolę w prawidłowym funkcjonowaniu układu trawiennego.