Atomy cynku mają w swoich jądrach 30 protonów. Liczba protonów elementu jest równa jego liczbie atomowej, która jest wymieniona w lewym górnym rogu pola elementu w układzie okresowym tabela elementów.
Atomy zawsze mają taką samą liczbę elektronów jak protony. Z definicji atom musi mieć całkowity neutralny ładunek, a ładunek ujemny każdego elektronu unieważnia ładunek dodatni pojedynczego protonu. Cynk ma zatem 30 elektronów i 30 protonów. Liczba neutronów w atomie może być różna, a niektóre konfiguracje są bardziej stabilne niż inne. Atomy pojedynczego elementu o różnej liczbie neutronów są znane jako izotopy tego pierwiastka.
