Według strony internetowej drużyny, drużyna futbolowa San Francisco 49ers nosi imię ludzi, którzy wzięli udział w gorączce złota w Kalifornii. Ci ludzie stali się znani jako 49ers, ponieważ gorączka złota miała miejsce od 1849 roku . Propozycja nazwy pochodzi od założyciela zespołu, Tony'ego Morabito. Oryginalne logo 49ers odzwierciedlało nazwę drużyny, ponieważ było zdjęcie górnika strzelającego dwoma pistoletami.
Zespół San Frisco 49ers powstał w 1946 roku. Wcześniej Morabito podszedł do National Football League w 1942 roku z możliwością założenia zespołu z Zachodniego Wybrzeża, ale pomysł szybko został odrzucony. Kiedy w 1944 r. Utworzono nową ligę, All-American Football Conference, Morabito rozpoczął tworzenie franczyzy w San Francisco.
Lawrence Shaw został wybrany na pierwszego trenera drużyny. W sumie w pierwszym sezonie drużyny wybrano 32 graczy, w tym Frankie Albert, Bruno Banducci i Joe Ventrano. 49ers wygrał swój pierwszy mecz przeciwko Chicago Rockets. Pomimo początkowego sukcesu, 49ers zakończyli swój pierwszy sezon z tylko trzema zwycięstwami.
Morabito zachował własność zespołu aż do swojej śmierci w 1957 roku. Jego młodszy brat, Victor, kontynuował rodzinną własność zespołu, ale zespół został ostatecznie sprzedany Edwardowi DeBartolo Jr. w 1977 roku.
