Benjamin Franklin zmarł na zapalenie opłucnej 17 kwietnia 1790 r. w Filadelfii, Penn. Przyczyną tego stanu jest obrzęk płuc i wyściółka w klatce piersiowej. Jest to powikłanie infekcji bakteryjnych, takich jak zapalenie płuc.
Mimo że ogólnie był zdrowy przez całe życie, Franklin miał problemy z oddychaniem, dną moczanową i kamieniami pęcherza moczowego, zwłaszcza gdy dorastał. Szczególnie zmagał się z kamieniem pęcherza, który stał się tak duży, że nie można go było usunąć chirurgicznie. Zamiast tego starał się być świadomym swojej diety, unikał picia i ćwiczył, aby zapobiec wzrostowi kamienia. W późniejszych etapach swojego życia Franklin użył opium, by uśmierzyć ból.