Safranina jest stosowana jako barwnik do tekstyliów i jako plama dla różnych procedur naukowych. Procedury naukowe obejmujące safraninę obejmują barwienie kontrastowe Gram, barwienie kontrastowe endospor, wykrywanie granulek i wskazanie redoks.
Safranina jest czerwonym, rozpuszczalnym w wodzie barwnikiem, określanym także jako fenosafranina, zasadowa czerwień 2 i Safranina 0. Jest zdolna do barwienia wszystkich czerwonych jąder komórkowych. Safranina jest dostępna w postaci dimetylu lub trimetylosorraniny, które są zasadniczo identyczne pod względem zachowania i wyglądu.
Safranina jest powszechnie stosowana w barwieniu metodą Grama, co pomaga odróżnić grupy bakterii Gram-dodatnich i Gram-ujemnych ze względu na skład ściany komórkowej. Obie grupy są najpierw barwione rozpuszczalnym w wodzie barwnikiem fioletu krystalicznego, a do roztworu dodaje się jod. Następnie dodaje się alkohol etylowy lub aceton, co powoduje, że bakterie Gram-dodatnie zatrzymują barwnik fioletu krystalicznego i bakterie Gram-ujemne, aby odrzucić barwnik fioletu krystalicznego. Następnie dodaje się safraninę jako barwnik kontrastowy dla bakterii, barwiąc czerwoną bakterię Gram-ujemną. Gram-dodatnie bakterie pozostają fioletowe.
Ściany komórkowe bakterii Gram-dodatnich zawierają grubą warstwę peptydoglikanu, który umożliwia bakteriom zachowanie fioletu krystalicznego. Bakterie Gram-ujemne zachowują raczej plamę safraninową niż fioletową ze względu na cieńsze ściany komórkowe peptydoglikanu.
