Istnieje wiele znaczących różnic między replikacją prokariotyczną i eukariotyczną DNA. Jedną z takich różnic jest złożoność procesu replikacji komórek eukariotycznych w porównaniu ze względną prostotą procesu replikacji w komórkach prokariotycznych. Kolejną ogromną różnicą jest szybkość, z jaką odbywa się replikacja.
Ponieważ komórki prokariotyczne mają prostszą strukturę niż komórki eukariotyczne, proces replikacji DNA dla komórek prokariotycznych jest znacznie prostszy. Po pierwsze, komórki prokariotyczne nie mają jądra, w którym znajduje się materiał genetyczny. Replikacja zachodzi w cytoplazmie komórek prokariotycznych, w przeciwieństwie do replikacji występującej w jądrze komórek eukariotycznych.
Pochodzenie replikacji w komórkach prokariotycznych jest ograniczone do jednego miejsca, podczas gdy w komórkach eukariotycznych istnieje ponad 1000 początków. W komórkach prokariotycznych replikacja występuje po jednym punkcie na raz, podczas gdy replikacja eukariotyczna zachodzi jednocześnie we wszystkich tych punktach początkowych. Idąc dalej, komórki prokariotyczne mają tylko jedno widmo replikacyjne, podczas gdy komórki eukariotyczne mają wiele widelców do replikacji. Chromosomy komórek prokariotycznych nie mają chromatyny, która stanowi większość chromosomów w komórkach eukariotycznych.
W końcu replikacja prokariotyczna przebiega szybko, podczas gdy replikacja eukariotyczna jest powolna. Prędkość, z jaką replikują się komórki prokariotyczne, obserwuje się przy szybkim rozwoju bakterii.
