Newton zmarł we śnie w Londynie, w Anglii, 31 marca 1727 roku, w wieku 85 lat. Poprzedniego dnia, po ciężkim bólu w brzuchu, Newton stracił przytomność i nigdy się nie odzyskał świadomość.
Pod koniec życia problem trawienia zmusił Newtona do drastycznej zmiany diety i mobilności. Założyciel nowoczesnej fizyki, Newton nigdy się nie ożenił i miał niewielu przyjaciół, pozostawiając wiele osób, które martwią się jego psychiczną i emocjonalną stabilnością.
Isaac Newton został pochowany w opactwie Westminster. Po jego śmierci jego włosy miały pozytywny wynik względem rtęci, najprawdopodobniej z alchemików. Zatrucie rtęcią uważa się za potencjalną przyczynę jego ekscentryczności w późniejszym życiu.
