Jedyne organizmy z komórkami prokariotycznymi należą do domen Bakterie i Archaea. Te organizmy są uważane za prokarioty, które charakteryzują się tym, że są komórkami, które nie mają wyraźnego jądra.
W komórkach prokariotycznych brakuje wielu struktur, które definiują komórki eukariotyczne, i są to najczęściej jednokomórkowe formy życia. Chociaż brakuje im organelli związanych z błoną, nadal prowadzą syntezę białek przez rybosomy i dwuniciowe DNA. Organizmy prokariotyczne obejmują cynobakterie i algi, które są zaklasyfikowane pod nazwą Bakterie. Archaea to nowo ustanowiona domena, która składa się z organizmów prokariotycznych, które zazwyczaj istnieją w niegościnnych klimatach, takich jak głębokie termy.