Pierwszą komórką pod mikroskopem była korka, składająca się z martwych komórek roślinnych. W roku 1665 Robert Hooke był osobą, która jako pierwsza widziała te komórki roślin pod mikroskopem.
Robert Hooke obserwował ściany komórek z martwych roślin, ale nie był w stanie wykryć mniejszej podstruktury komórki, znanej jako organelle. To on zauważył, że te mniejsze jednostki budujące życie wyglądały bardzo podobnie do komórek, w których żyli mnisi, stąd nazwa. Jednak dopiero w 1674 roku Anton van Leeuwenhoek po raz pierwszy zobaczył żywe komórki w algach. Teoria komórki, która mówi, że całe życie składa się z mniejszych jednostek, została oficjalnie ustanowiona w 1839 roku i nadal stanowi podstawę nowoczesnej biologii molekularnej.