Sny są kontrolowane przez część mózgu zwaną korą mózgową. W czasie snu REM sygnały wysyłane z innej części mózgu, mostu, przekazywane są przez wzgórze do kory mózgowej, i to właśnie próby kory mózgu nad sensem tych sygnałów powodują śnienie.
Pons wysyła również sygnały do neuronów w rdzeniu kręgowym, zamykając je i powodując tymczasowy paraliż ramion i nóg. Zapobiega to, aby marzyciel fizycznie odegrał swoje marzenie i zranił się. Istnieje stan zwany zaburzeniem zachowania podczas snu REM, w którym pony nie sparaliżują kończyn podczas snu REM.
