Głównymi przyczynami zanieczyszczenia wody w Afryce są: urbanizacja, wylesianie, procesy przemysłowe, wydobycie i rolnictwo. Zanieczyszczenie wody można opisać jako zanieczyszczenie zbiorników wodnych, takich jak oceany, jeziora, warstwy wodonośne i rzeki. Występuje, gdy zanieczyszczenia są zrzucane do zbiorników wodnych bez usuwania lub obróbki szkodliwych związków.
Ponieważ coraz więcej ludzi przenosi się do miast w Afryce, przyczyniają się one do szeregu czynników, które prowadzą do zanieczyszczenia wody. Urbanizacja powoduje zatory na obszarach miejskich, co skutkuje nieodpowiednim gospodarowaniem ściekami i ich oczyszczaniem. Kiedy nieoczyszczone ścieki z tych zatłoczonych obszarów miejskich są uwalniane do zbiorników wodnych, powoduje to zanieczyszczenie wody. Substancje chemiczne z przemysłu na obszarach miejskich również powodują zanieczyszczenie wody.
Oczyszczanie gruntów pod zabudowę miejską i rolnictwo prowadzi do zanieczyszczenia wody. Kiedy gleba pozostaje bez pokrywy, staje się podatna na erozję gleby. Gleba jest zmywana do zbiorników wodnych, gdy pada deszcz, co sprawia, że woda jest brudna i nie nadaje się do użytku przez ludzi.
Wiele krajów rozwijających się w Afryce doświadcza gwałtownego rozwoju przemysłowego bez odpowiednich środków usuwania odpadów. Przemysł produkuje odpady, które zmieniają pH wody, zmieniają jej kolor i prowadzą do eutrofizacji, procesu, w którym nadmiar składników odżywczych powoduje nadmierny wzrost roślin, co z kolei powoduje dalsze zanieczyszczenie.
Wiele krajów afrykańskich, takich jak Nigeria i Republika Południowej Afryki, prowadzi wiele działań wydobywczych, co zwiększa ilość soli i minerałów zdeponowanych w zbiornikach wodnych i wpływa na pH wody.
Większość afrykańskich gospodarek opiera się na rolnictwie. Niektóre metody stosowane w rolnictwie zwiększają erozję gleby i wykorzystują nadmiar nawozów i pestycydów. Kiedy pada deszcz, luźna ziemia, nadmiar nawozów i pestycydów są myte w zbiornikach wodnych, powodując zanieczyszczenie wody.
