Funkcją choanocytów jest tworzenie przepływu wody przez korpus gąbki. Pozwala to na filtrowanie składników odżywczych i podawanie gąbki.
Choanocyty to komórki znajdujące się na wyrostkach przypominających bicz, zwanych wici, znajdujących się w gąbce, czyta Reference.com. Te wici ciągle uderzają w wodę, napędzając wodę i składniki odżywcze przez pory w gąbce, którą pułapki chwytają choanocyty. Ruch wody inicjowany przez choanocyty wspomaga układ trawienny i oddechowy gąbki, ponieważ oprócz wciągania wody pobierają również tlen. Następnie wypychają dwutlenek węgla i odpady.
Choanocyty to trzecia warstwa tworząca gąbkę. Pierwsza warstwa nadaje gąbkom pory, a druga warstwa nadaje im kształt. Komórki w drugiej warstwie są mieszanką komórek ruchomych i szkieletowych. Komórki mobilne, zwane amoebocytami, działają wspólnie z choanocytami, aby nakarmić gąbkę. Trawią pokarm, który zapewniają mu choanocyty i transportują tlen w całym ciele.
Gąbka jest częścią królestwa zwierząt, ale ma również cechy charakterystyczne dla protistów, takich jak choanocyty. Uważa się, że te choanocyty są potomkami choanoflagellate, starożytnego protisty.