Głównym zadaniem jelita cienkiego jest wchłanianie pożywienia i składników odżywczych. Kiedy pokarm przedostaje się do żołądka, kwas zaczyna go rozkładać, a niektóre składniki odżywcze są wchłaniane przez żołądek. Następnie pokarm przechodzi do jelita cienkiego, gdzie enzymy i wodorowęglan sodu spływają z trzustki, aby zneutralizować pozostały kwas żołądkowy i rozbić pozostałe składniki odżywcze. Jelito grube absorbuje wodę i tworzy fekalia.
Jelito cienkie odgrywa również rolę w układzie odpornościowym organizmu. Probiotyczna flora jelitowa nie tylko pomaga w trawieniu kłopotliwych związków, ale także zwiększa odporność organizmu.
Kiedy pokarm trafia do jelita cienkiego, ciało traktuje każdy typ cząsteczki inaczej. Lipidy rozkładają się na kwasy tłuszczowe i glicerol, podczas gdy białka rozkładają się na aminokwasy i peptydy dla łatwego wchłaniania do organizmu. Węglowodany mogą rozpaść się na cukry proste, ale złożone cząsteczki węglowodanów mogą przechodzić przez jelita cienkie stosunkowo nietknięte. Po dotarciu do jelita grubego bakterie rozbijają je i wytwarzają gazowy produkt uboczny jako produkt uboczny. Dlatego żywność bogata w złożone węglowodany, takie jak fasola, może powodować dyskomfort w jelitach. Aby zwalczyć ten efekt, specjalne enzymy rozkładają złożone węglowodany, zanim bakterie będą miały szansę ich konsumować, zapobiegając uwalnianiu gazu.
