Kiedy dana osoba odnosi się do królestwa grzybów, grzyby są poprawną nazwą naukową dla wszystkich organizmów, które są sklasyfikowane jako grzyby. Grzyby królestwa mogą być dalej rozbijane na królestwa, gromady i podtypu.
Na przykład, typ chytridiomycota zawiera niektóre z najwcześniej rozwiniętych grzybów. Kolejny typ, zygomycota, składa się z grzybów żyjących na lądzie, które mają tylko przegrody w obszarach reprodukcyjnych. Gatunek ascomycota obejmuje drożdże i pleśnie.
Każdy gatunek grzyba ma naukową nazwę. Amanita flavoconia, gatunek grzyba, jest częścią agaricales zamówienia i gatunek basidiomycota, oprócz grzybów królestwa.