Żel agarozowy jest stosowany w procesie elektroforezy, który oddziela fragmenty DNA zgodnie z ich strukturą i wymiarami cząsteczki DNA są ogólnie trawione enzymami restrykcyjnymi, a elektroforeza w żelu agarozowym służy jako narzędzie diagnostyczne do pomóc badaczom wizualizować fragmenty. Żel agarozowy to gęsta, lepka substancja, złożona z matryc polisacharydowych, które w zasadzie wychwytują molekuły transportowane przez prądy elektryczne.
Technika elektroforezy w żelu agarozowym ma kilka ważnych zastosowań. Ta metoda stosowana jest w medycynie sądowej, a także w laboratoriach chemicznych i farmaceutycznych oraz medycznych. Według ASU żel agarozowy umożliwia ludziom analizowanie fragmentów DNA, które występują w wyniku trawienia enzymów z większych fragmentów DNA. Żel umożliwia przejrzystą wizualizację fragmentów, co jest niezbędne do określenia wielkości cząstek w wielu dziedzinach badań. Ponieważ cząsteczki DNA są umieszczane na polach z prądami elektrycznymi, ujemnie naładowane cząsteczki migrują w kierunku dodatniego końca pola, które zawiera dodatnio naładowany żel agarozowy. Żel jest usieciowaną siecią matrycową, która służy jako trójwymiarowa siatka lub ekran w celu przyciągnięcia ujemnie naładowanych cząsteczek DNA. Cząsteczki te są przyciągane do dodatniego końca podstawy żelu przez prądy, ale napotykają na oporność z agarozą, która następnie izoluje cząsteczki DNA.
