Jednym z przykładów pasożytniczego związku w rafach koralowych są skorupiaki z rozkazów Copepoda lub Isopoda, które przywiązują się do ryb w rafach, czasami powodując szkody, ale w innych przypadkach po prostu trzymają się i żywią cząstkami jedzenia, które pływają po je. Rafy koralowe to organizmy współistniejące w wielu różnych relacjach, w tym pasożytnictwo, ale także symbioza, konkurencja, komensalizm i mutualizm.
Podczas gdy niektóre pasożyty nie szkodzą swoim gospodarzom, inni tak robią. Ektopasoity pozostają przywiązane do żywicieli, zabierając kluczowe pożywienie; nie jest to jednak jedyne połączenie między organizmami w środowisku rafy koralowej.
Mutualizm odnosi się do symbiozy, która przynosi korzyści obu gatunkom. Jednym z przykładów jest związek między krabem boksera a niektórymi gatunkami ukwiałów. Krab chwyta zawilec w swoich pazurach, tak że ukłucie macek powstrzymuje drapieżniki; anemone czerpie korzyści z jedzenia resztek kraba.
Commensalism odnosi się do symbiozy, w której jeden gatunek chroni inny, na przykład związek między ukwiałami i clownfish. Błazenki mieszkają w macekach ukwiałów, pokryte śluzem, tak że ukłucia anemonu nie wpływają na nie. Inne zwierzęta, takie jak krewetki i kraby, szukają schronienia w ukwiałach, nie opuszczając względnego bezpieczeństwa macek.
Konkurencja odnosi się do stanu, w którym gatunki walczą o zasoby. Wraz z populacją rośnie konkurencja, co prowadzi do korekty populacji, ponieważ młodsi dorośli umierają, a rozmnażanie się zmniejsza.
