Trwałe skutki podboju hiszpańskiego w Ameryce Łacińskiej obejmowały zdziesiątkowanie rdzennych mieszkańców i stłumienie ich języków, historii i kultur. Ci, którzy przeżyli, byli pod silnym wpływem języka hiszpańskiego, religii, sztuki i architektury.
Jednym z największych trwałych efektów napadu na Hiszpanię w Ameryce Łacińskiej była niszcząca utrata rdzennej ludności. Jednym z głównych winowajców była ospa i inne choroby, przeciwko którym tubylcy nie mieli żadnej obrony. Dodatkowo, system encomienda przymusowej niewoli miejscowych zabił wielu innych tubylców poprzez ciężką pracę i niedostatek.
Obecni rdzenni liderzy zostali zabici lub pozbawieni władzy, pozostawiając rdzenne społeczeństwa bez struktur społecznych, od których zależą. Hiszpańscy księża zakazali lokalnej religii i kultury oraz palili spisane historie, pozostawiając kulturową próżnię. W rezultacie rdzenne społeczeństwa, których ludzie ponumerowali miliony przed hiszpańskim podbojem, zostały marginalizowane lub zatarte.
Wobec braku rodzimych alternatyw, język i kultura hiszpańska stały się dominujące w Ameryce Łacińskiej. Hiszpański stał się podstawowym językiem w wielu krajach Ameryki Łacińskiej. Kiedy po raz pierwszy został wprowadzony, wielu rdzennych mieszkańców Ameryki Południowej połączyło katolicyzm z tradycyjnymi praktykami religijnymi. Z biegiem czasu religia rzymskokatolicka stała się dominującym wpływem teologicznym w Ameryce Łacińskiej. Hiszpańska architektura stała się podstawą wielu budowli, a planowanie miasta opierało się na układzie placu lub placu miejskiego w środku gminy.
