Przy stosowaniu chromatografii papierowej rozpuszczalność pigmentów, jak atrakcyjny jest papier i rozmiar cząstek wpływają na separację pigmentów. Proces chromatografii działa w celu oddzielenia mieszanin substancji w ich indywidualne składniki.
Chromatografia papierowa jest powszechną metodą i ma na celu oddzielenie różnych pigmentów, które składają się na konkretny atrament lub barwnik. Papier chromatograficzny jest zawsze czysto biały, dzięki czemu nie zanieczyszcza próbek atramentu. Rozpuszczalniki przesuwają się po papierze, a różne pigmenty w tuszu lub barwniku przemieszczają się z różnymi prędkościami. Po zakończeniu procesu pojawią się plamy atramentu przedstawiające różne kolory, które składają się na atrament.