Na poziomie indywidualnym, zwierzęta hybrydowe czasami mają problemy z reprodukcją, zdrowiem lub zachowaniem ze względu na swoją genetykę. Ekologicznie hybrydy rozmazują linie gatunków i stwarzają problemy dla ochrony.
Hybryda jest potomstwem rodziców z dwóch różnych gatunków lub podgatunków. Wiele gatunków, ze względu na różnice genetyczne lub behawioralne, nie krzyżuje się lub nie może krzyżować się w celu wytworzenia żywotnego potomstwa. Jednak w niektórych przypadkach dwa gatunki są wystarczająco podobne genetycznie, aby stworzyć potomstwo hybrydowe. Niektóre hybrydy, podobnie jak muły, są sterylne. Muły są wynikiem skrzyżowania konia żeńskiego z męskim osłem. Podczas gdy sam muł może osiągnąć zdrowe dorosłe życie, zazwyczaj nie jest w stanie sam wytwarzać gamet i nie rozmnaża się.
Liger jest hybrydą pomiędzy żeńskim tygrysem i męskim lwem, i często jest większy niż którykolwiek z rodziców. Ligery są podatne na problemy zdrowotne i wady wrodzone, a wiele z nich nie przeżywa dorosłości. Tygrysowi trudno jest urodzić jej młode hybrydowe; ich duży rozmiar może wymagać sekcji C dla matki.
Zwierzęta hybrydowe mogą również wykazywać nieprzewidywalne zachowanie. Jednym ze znanych przykładów jest hybryda wilków, która jest krzyżówką psa domowego z wilkiem. Nieliczne recenzowane artykuły zostały napisane na temat zachowania hybryd wilka, a zwierzęta są otoczone wieloma kontrowersjami. Niektórzy właściciele twierdzą, że ich hybrydy są łagodnymi, nieśmiałymi zwierzętami, podczas gdy inne anegdoty wskazują, że hybrydy wilków są nieprzewidywalne i niebezpiecznie agresywne. Niektóre problemy wynikają z faktu, że psy były udomowione od 15 000 do 30 000 lat i w tym czasie były selektywnie hodowane pod kątem określonych wzorców zachowań, które są korzystne dla właścicieli. Kolidująca genetyka krzyża wilka-psa prowadzi do nieprzewidywalności. Hybrydy wilka mogą również postrzegać swoich właścicieli jako swoje paczki, a właściciel musi uważać, że jest dominującym członkiem paczki.
Problem hybrydyzacji na większą skalę pochodzi od dzikich mieszańców. Niektóre gatunki dzikich ptaków wodnych mogą na przykład krzyżować się z krajowymi odpowiednikami. Może to zamulić wody genetyczne danego gatunku, w niektórych przypadkach do tego stopnia, że gatunek jest zagrożony wyginięciem poprzez hybrydyzację. Ta kwestia nie jest w żaden sposób ograniczona do ptactwa wodnego. Szkocki żbik jest zagrożony wyginięciem z powodu hybrydyzacji z dzikimi kotami domowymi.
