Białe dęby, hikory i drzewa orzechowe mają głębokie systemy korzeniowe. Głębokie korzenie są lepiej dostosowane do wilgoci i składników odżywczych i zapewniają stabilność strukturalną, dzięki której drzewa mogą rosnąć w większych rozmiarach. Głębokie systemy korzeniowe mogą zaszkodzić fundamentom, hydraulikom i piwnicom znajdujących się w pobliżu struktur.
Najgłębsze korzenie, zwane taprootami, wyrastają z kiełkujących nasion i rosną wraz z dojrzewaniem drzewa. Korzenie serca składają się z wielu pierwotnych korzeni, które łączą się z wieloma korzeniami wtórnymi. Korzenie serca mogą być widoczne u podstawy tułowia i są typową cechą czerwonych dębów, klonów jaworowych i drzew dużych. Nawet drzewa, które nie są szczególnie głęboko zakorzenione, mogą nadal uszkadzać narzędzia i struktury z powodu agresywnego wzrostu ich systemu korzeniowego.
Drzewa i inne rośliny naczyniowe mają układy korzeniowe, które zazwyczaj istnieją pod ziemią, chociaż niektóre drzewa mogą mieć korzenie powietrzne lub napowietrzające. Korzenie dostarczają drzewom wilgoć i składniki odżywcze, a także zakotwiczają je na miejscu. Niektóre drzewa nawet używają swoich korzeni do przechowywania żywności i składników odżywczych. System korzeniowy składa się z wieloletnich korzeni pierwotnych i korzeni wtórnych, które rosną w falach w odpowiedzi na ekspansję czaszy liścia.
Dzikie drzewo figowe w jaskiniach Echo, w pobliżu Ohrigstad, Transvaal w Południowej Afryce, ma zgłoszoną głębokość korzenia 393,7 stopy, najgłębsze kiedykolwiek zarejestrowane.
