Dwa królestwa bakterii to Archaebacteria i Eubacteria. Dwa królestwa zostały wcześniej sklasyfikowane w jedno królestwo, Monera, ale dwa typy bakterii wykazały wystarczająco zmienności, aby uzasadnić przeklasyfikowanie do dwóch odrębnych królestw.
Chociaż zarówno Archaebacteria, jak i Eubacteria są prokariotami, co oznacza, że nie posiadają struktur związanych z błoną, zwanych organellami, oba królestwa mają tak wiele różnic między nimi, że każda z nich należy do odrębnej domeny. Pozostałe cztery królestwa, protisty, grzyby, rośliny i zwierzęta należą do jednej domeny.
Archaebakterie zawierają organizmy żyjące w wrogich środowiskach, takich jak gorące źródła, słonej wody i głębokich otworów wentylacyjnych. Eubakterie obejmują bakterie, które są bardziej znane ludziom. Cyjanobakterie lub niebiesko-zielone algi należą do Eubacteria. Inne bakterie Eubacteria powodują choroby ludzkie, takie jak paciorkowiec i zatrucie jadem kiełbasianym.
