W wyniku interakcji między Starym Światem i Nowym Światem, który rozpoczął się podróżą Krzysztofa Kolumba do Ameryki, kilka nowych chorób zostało wprowadzonych do populacji rdzennych Amerykanów, w tym grypy, ospy, malarii, odry i żółci gorączka. Systemy odpornościowe rdzennych Amerykanów, nigdy nie wystawione na choroby przed przybyciem Europejczyków, okazały się bardzo podatne na nowe patogeny. Według niektórych szacunków liczba zgonów z powodu chorób europejskich wśród populacji rdzennych Amerykanów wynosi od 80 do 95 procent w ciągu pierwszych 150 lat po lądowaniu Kolumba w 1492 roku.
Większość chorób przywiezionych do Ameryki przez Europejczyków była bardzo zaraźliwa i szybko rozprzestrzeniła się wśród populacji rdzennych Amerykanów, nawet w przypadkach, w których dotknięte grupy nie miały bezpośredniego kontaktu z Europejczykami. Ospa, choroba, dla której znaczna liczba Europejczyków już opracowała nabytą odporność, była najbardziej śmiercionośną z nowych chorób przeniesionych na amerykańskie wybrzeża. Relatywnie dużo większa utrata życia spowodowana ospą pojawiła się wśród rdzennych Amerykanów niż przypadki śmiertelne, które poniosła Europa w czasie epidemii dżumy, znanej jako Czarna Śmierć.
Żółta gorączka na kontynencie amerykańskim jest uważana za wynik atlantyckiego handlu niewolnikami. Niewolnicy, którzy zostali przywiezieni do Ameryki, już rozwinęli nabytą odporność na choroby w Afryce, ale systemy odpornościowe rdzennych Amerykanów i europejskich osadników nie były przygotowane do walki z chorobą, a epidemie żółtej gorączki wciąż wybuchały w koloniach aż do 1800s.
