Chorobami, które nękały wczesnych amerykańskich kolonistów, były tyfus, znany również jako gorączka tyfusu lub gorączka plamista, a także malaria i zapalenie mózgu. Dyzenteria i hipernatremia, znane również jako zatrucia solami, również stanowiły znaczące zagrożenie dla zdrowie kolonialnych Amerykanów.
Ospa była również groźnym zagrożeniem w tym czasie. Jedna epidemia ospy prawdziwej w kolonialnym Williamsburgu w latach 1747-1758 dotknęła 754 osoby. Duże populacje rdzennych Amerykanów zostały zniszczone w okresie kolonialnym, kiedy nabawili się chorób, w tym ospy. Epidemie chorób wprowadzanych do Europy zmniejszyły liczbę rdzennych Amerykanów w Nowej Anglii o 90 procent między 1615 a 1633.
