Bakterie probiotyczne są korzystne, ponieważ chronią organizm, utrzymując pod kontrolą szkodliwe patogeny, takie jak candida. Pobudzają również układ odpornościowy, aby był gotowy do zwalczania szkodliwych organizmów chorobowych i leczenia podszewka jelitowa.
Ciało ludzkie zawiera około 7 funtów pożytecznych bakterii, głównie w jelitach. Oprócz bakterii trawiennych, takich jak Acidophilus, inne bakterie mają wiele funkcji w ciele. Cyjanokobalamina pomaga w produkcji witaminy B12. Streptococcus mutans znajdują się w jamie ustnej i pomagają przekształcić cukier w kwas mlekowy.
Inne rodzaje pożytecznych bakterii, takich jak Bacillus subtilis, są obecne w glebie, aby wspomóc wzrost i zdrowie roślin. Bacillus thuringiensis jest bakterią używaną jako naturalny pestycyd dla komarów i gąsienic.