Według University of California w Santa Barbara, główna różnica między grzybami i grzybami polega na tym, że grzyby potrzebują oddychania tlenowego, aby przetrwać, podczas gdy protisty mogą żyć w środowisku beztlenowym bez tlenu. Różnica między nimi polega na tym, że protisty są zawsze jednokomórkowe, ale grzyby mogą czasami być wielokomórkowe.
Protesty i grzyby są królestwami w organizacji wszystkich rzeczy na ziemi. Są podobne w sposobie, w jaki działają i zachowują się, ale mają również swoje różnice. Oba należą do domeny eukariotów, do których należą także rośliny i zwierzęta.
Królestwo protista składa się z członków, którzy są autotroficzni i heterotroficzni. Autotrofy są w stanie wytwarzać własną energię ze źródeł w ciele, podczas gdy heterotrofy muszą polegać na źródłach zewnętrznych, aby uzyskać energię potrzebną do przeżycia. Żadne inne królestwo nie składa się z członków, którzy są heterotroficzni i autotroficzni.
Grzyby nie mogą być uważane za autotroficzne ani heterotroficzne, chociaż bardziej wiążą się z heterotrofami. Członkowie królestwa grzybów spożywają martwe lub komponują materiał, czyniąc je saprofitami. Nie mogą uzyskać tego materiału z wnętrza własnego ciała, podobnie jak autotrofy; raczej otrzymują go ze źródeł zewnętrznych. Jednak w odróżnieniu od heterotrofów, materiał nie jest żywy, gdy otrzyma z niego energię, której potrzebują.