Podczas gdy większość ludzi nie ma poważnych reakcji na barwnik kontrastowy stosowany w skanach CAT, najczęstszymi działaniami niepożądanymi podczas wstrzykiwania są uderzenia gorąca i metaliczny smak w jamie ustnej, zgodnie z Imaginis. Niektórzy pacjenci również odczuwają swędzące pokrzywki, które mogą pojawić się na ciele w ciągu minut lub nawet godzin po strzale. W rzadkich przypadkach zgłaszane są bardziej poważne działania niepożądane, które wymagają natychmiastowego leczenia, np. Trudności w oddychaniu i obrzęk gardła lub innych obszarów ciała.
Efekty uboczne są częściej obserwowane w przypadku tradycyjnego barwnika kontrastowego, ze względu na zawartość jodu. Jednak nowsze formy "niejonowych" kontrastów, które zawierają różne chemiczne struktury jodu, zazwyczaj powodują mniej skutków ubocznych, jak zauważył Imaginis.
Podczas skanowania CAT, środek kontrastowy jest używany do podkreślenia określonych narządów, naczyń krwionośnych innych tkanek, co pomaga lepiej oznaczyć chorobę lub obrażenia podczas czytania skanu. Po wstrzyknięciu barwnik umieszczany jest bezpośrednio w żyle, po czym przechodzi przez układ krążenia, aż ostatecznie zostanie usunięty z organizmu przez wątrobę i nerki. Oprócz wstrzyknięć barwniki są również podawane doustnie, doodbytniczo i bardzo rzadko przez inhalację.