Trzy części synapsy to końcówka presynaptyczna, szczelina synaptyczna i zakończenie postsynaptyczne. Impuls przemieszczający się z jednej komórki nerwowej do drugiej musi przejść przez wszystkie trzy części, aby pomyślnie przekroczyć synapsę i aby przejść do następnego neuronu w sekwencji.
Impulsy nerwowe przemieszczają się z ciała komórki nerwowej do jej końca przez końcówkę aksonu, która jest długa od razu. Na samym końcu tego terminalu leży zakończenie presynaptyczne. Ta struktura zawiera kieszenie chemicznych neuroprzekaźników, które są uwalniane w odpowiedzi na nadejście impulsu z nerwu.
Po uwolnieniu neuroprzekaźniki przecinają szczelinę synaptyczną, która jest tylko niewielką przerwą między komórkami nerwowymi. Niewykorzystane neuroprzekaźniki są pobierane z powrotem przez zakończenie presynaptyczne po zakończeniu transmisji. Białka neuroprzekaźnikowe, które osiągną swój cel, są pobierane przez trzecią część synapsy, zakończenie postsynaptyczne.
Koniec postsynaptyczny ma wyspecjalizowane struktury receptorów na swojej powierzchni. Te receptory akceptują neuroprzekaźniki w taki sposób, że zamek akceptuje klucz. Nadejście białka transmisyjnego wyzwala impuls w zakończeniu postsynaptycznym, które przemieszcza się w górę krótkiego terminala do głównego ciała komórki.