Rodzaje pierwotniaków to sarcodyny, mastigoty, sarcomastigoty i apikompleksy. Pierwotniaki to jednokomórkowe organizmy, które mają jądra i działają trochę jak zwierzęta. Pierwotniaki żyją zwykle w pobliżu źródeł wody.
Sarcodyny, czyli ameby, składają się z ameb i ich krewnych. Te pierwotniaki poruszają się za pomocą nibynosów, które są projekcjami ich cytoplazmy. Pseudopółka mogą również pomóc ameboidom żywić się otaczając i pochłaniając źródło pożywienia. Mastigoty to wiciowce, które poruszają się za pomocą struktur zwanych wici, które są przedłużeniami przypominającymi bicz. Sarkomastigoty lub orzęski podróżują za pomocą rzęsek, które wyglądają jak maleńkie włosy, które biją rytmicznie. Paramecia to przykłady sarcomastigotów. Apicomplexans, historycznie zwane sporozoans, są podgrupą pierwotniaków składających się tylko z gatunków pasożytniczych. Gatunek plasmodii wywołujący malarię to apikompleksan.
