HPLC, wysokosprawna chromatografia cieczowa, ma bardzo nieliczne wady, ale te nieliczne to niska wrażliwość, trudność czyszczenia i urządzenia są bardzo drogie. Funkcja, zastosowanie i dokładność urządzenia HPLC jest bardzo podobne do GC lub chromatografii gazowej.
Próbki używane w wysokosprawnej maszynie do chromatografii cieczowej są zwykle większe niż w przypadku maszyny do chromatografii gazowej. Pomimo wielu niedogodności ma również wiele zalet. Urządzenia są bardziej precyzyjne niż inne urządzenia i mogą analizować szerszy zakres związków, chociaż urządzenie GC może radzić sobie lepiej z bardziej złożonymi mieszaninami niż urządzenia HPLC.
