Wady stosowania wodoru jako paliwa polegają na tym, że część jego produkcji opiera się na zasobach nieodnawialnych i jest wysoce łatwopalna. Potrzebna jest również większa ilość wodoru wykorzystywanego do paliwa pojazd w porównaniu z benzyną lub olejem napędowym.
Wodór jest najlżejszym pierwiastkiem chemicznym w układzie okresowym, o liczbie atomowej 1. Jest to gaz bezwonny i bezbarwny. Komórki wodorowe mogą napędzać pojazdy silnikowe, co zapewnia korzyści dla środowiska, ponieważ nie wytwarzają gazów cieplarnianych ani nie zanieczyszczają powietrza.
Istnieją różne technologie wykorzystywane do produkcji wodoru, z których niektóre obejmują źródła odnawialne, takie jak energia wiatrowa i słoneczna, zgodnie z Departamentem Energii Stanów Zjednoczonych. Jednakże istnieje również produkcja wodoru z wykorzystaniem źródeł nieodnawialnych, takich jak paliwa kopalne. Chociaż wodór jest paliwem alternatywnym, wadą jest to, że nadal jest zależny od węgla, ropy naftowej i gazu ziemnego.
Inną wadą stosowania wodoru jako paliwa jest to, że stwarza ryzyko, ponieważ jest wysoce łatwopalny. Wodór nie zapewnia takiej samej ilości energii w stosunku do oleju napędowego i benzyny. Stwarza to problem magazynowania, ponieważ pojazdy napędzane wodorem wymagają dużej ilości paliwa, aby mogły podróżować na taką samą odległość jak pojazdy napędzane olejem napędowym lub benzynowym.