Wady technologii rekombinacji DNA są zasadniczo pogrupowane w zagadnienia komercyjne i środowiskowe. Problemy takie jak tworzenie monokultury i kontrola zmodyfikowanych organizmów według interesów korporacyjnych są powszechne i złożone.
Istnieje duży niepokój związany z własnością organizmów genetycznie zmodyfikowanych przez podmioty korporacyjne. Podmioty te w wielu przypadkach posiadają patenty na informację genetyczną wspomnianych organizmów, podnosząc pytania o zdolność do posiadania i ustanawiania praw podstawowych elementów życia. Ta kontrola spoczywa w sektorze przedsiębiorstw, a także otwiera wiele pytań dotyczących etyki, zachęt ekonomicznych i innych praktyk.
Monokultura to populacja organizmów, które składają się z kopii lub klonów. Organizmy te są podatne na zagrożenia w dokładnie ten sam sposób, co oznacza, że pojedyncza choroba lub szkodnik może potencjalnie całkowicie je zniszczyć. Uważa się za niezbędne tworzenie i utrzymywanie zapasów zapasowych, które mogą służyć w takim przypadku do uzupełnienia zapasów i odzyskania produkcji.
Inne problemy związane ze stosowaniem rekombinowanego DNA obejmują ciągły strach przed zakażeniem krzyżowym i migrację prawnie zastrzeżonego DNA między organizmami. Odporne rośliny mogłyby, teoretycznie, prowadzić do sprężystych chwastów, które mogą być bardzo trudne do kontrolowania. Innym problemem są rekombinowane organizmy zanieczyszczające środowiska naturalne.
