Poza polowaniem przez ludzi na ich futro, największym drapieżcą kojotów są wilki. Od czasu przywrócenia do Parku Narodowego Yellowstone w 1995 roku, wilki zmniejszyły populację kojotów o 39 procent , według badań.
Choć wilki czasami jedzą kojoty, nie mają pełnego związku między drapieżnikami a zdobyczą. Zamiast tego, zarówno kojoty, jak i wilki są na szczycie łańcucha pokarmowego i bezpośrednio konkurują o zdobycz, nawet w miejscach zabijania. Ponieważ wilki wykazują koegzystencję w zachowaniu w paczce, podczas gdy kojoty żyją i polują w pojedynkę, kojot znajduje się w niekorzystnej sytuacji w konfrontacji.
