Komórka została odkryta w 1665 r. przez Roberta Hooke'a, kiedy badał cienkie plasterki korka za pomocą mikroskopu. Nie widział żywych komórek, ale nieżywych ścian komórkowych. Hooke podobno użył słowa "komórki" do tego, co zobaczył, ponieważ korek przypominał mu klasztorne komórki.
W 1674 roku Antonie van Leeuwenhoek był pierwszą osobą, która widziała bakterie, drożdże i różne organizmy znajdujące się w niewielkiej kropli wody za pomocą mikroskopu. Leeuwenhoek jest często nazywany ojcem mikroskopii. Odkrycia dokonane przez Hooke'a i Leeuwenhoek zmieniły teorię naukową z witalizmu na teorię komórki.
