Zanieczyszczenie wód dzieje się od początku ludzkiej historii. Jednak większość zanieczyszczeń, o których dziś myśli większość ludzi, zaczęła się po rewolucji przemysłowej i stała się poważnym problemem pod koniec XIX wieku.
Wczesne formy zanieczyszczenia wody były zazwyczaj spowodowane zanieczyszczeniem pochodzącym od ludzi i zwierząt, co spowodowało poważne epidemie chorób, takich jak cholera. Po rewolucji przemysłowej nowe procesy produkcyjne i wydobywcze spowodowały, że toksyczne chemikalia zostały zrzucone do jezior i rzek w wysokim tempie. Kilka zbiorników wodnych stało się tak zanieczyszczone, że zapaliły się. Jednak nawet w czasach starożytnych znane były takie branże, jak fabryki barwników tekstylnych i garbarnie, powodujące zanieczyszczenie wody.
