Wapień pochodzi albo z gromadzenia się organicznych szczątków skorup, materii kałowej, glonów i koralowców, albo z rozpuszczonego węglanu wapnia osadzającego się na dnie morskim. Jest on głównie wykonany z węglanu wapnia w postaci minerał, kalcyt. Wapień na ogół tworzy się w czystym, ciepłym, płytkim środowisku morskim.
Wapień czasami tworzy się w słodkiej wodzie, a także tworzy się w jaskiniach przez odparowanie. Kiedy woda odparowuje, rozpuszczony w niej węglan wapnia osadza się na miejscu. Jeśli woda wyparuje na suficie jaskini, stopniowo formuje się stalaktyty, podczas gdy to tworzy stalagmity, jeśli najpierw spadnie na podłogę.
