Bakterie uzyskują energię poprzez spożycie innych organizmów i związków organicznych lub przez wytworzenie własnego pożywienia. Bakterie, które produkują własne jedzenie, nazywane są autotrofami. Bakterie, które muszą spożywać inne cząsteczki organiczne w celu uzyskania energii, nazywane są heterotrofami.
Istnieją dwa ogólne typy heterotrofów. Niektóre heterotrofy zaspokajają wszystkie swoje potrzeby energetyczne poprzez rozpuszczanie i wchłanianie lub przyjmowanie innych organizmów i nazywane są heterotrofami chemotroficznymi. Natomiast niektóre bakterie wytwarzają część swojej własnej energii, wykorzystując światło słoneczne, ale uzupełniają swoje potrzeby energetyczne poprzez absorpcję cząsteczek organicznych.
Autotrofy występują również w dwóch podstawowych typach. Istnieją autotrofy chemotroficzne, które pochłaniają cząsteczki nieorganiczne, takie jak siarczki, i przekształcają je w energię, a także fototroficzne autotrofy, które wytwarzają własną energię przez absorbowanie światła słonecznego. Jako całość, bakterie uzyskują energię na wiele sposobów, umożliwiając niektórym rodzajom bakterii życie niemal wszędzie.
Oprócz tych czterech grup bakterii, które na różne sposoby pozyskują energię, bakterie oddychają również w różny sposób. Wiele organizmów jest tlenowych i polega na tlenie, tak jak zwierzęta. Inne bakterie są beztlenowe, co oznacza, że żyją w środowisku bez tlenu. Jeszcze inne bakterie mogą żyć w środowisku bogatym w tlen lub w środowisku zubożonym w tlen. Te elastyczne bakterie nazywane są fakultatywnymi beztlenowcami.
