Nawóz znajduje się na szczycie listy, jeśli chodzi o zanieczyszczenia, które mają szkodliwy wpływ na ekosystemy wodne poprzez dodawanie substancji chemicznych i zakłócanie funkcji ekosystemu. Dokonują znacznych szkód w krótkim czasie. Nawozy mogą wpływać na ekosystemy wodne jako źródła punktowe i źródła zanieczyszczeń bez punktu, ale niezależnie od wejścia, ich skutki są poważne.
Nawozy wchodzą przede wszystkim w środowisko wodne w postaci chemikaliów, głównie azotu i fosforu. Mogą one jednak również przedostawać się do jezior, strumieni i innych ekosystemów wodnych poprzez ścinki trawników i grabione liście, które spływają do tych środowisk przez odpływy i gromadzą duże ilości fosforu.