Podczas gdy zanieczyszczenie wody ma wiele wpływów na środowisko, jego skutki są najłatwiej widoczne w jeziorach i strumieniach, w których zanieczyszczenia zabijają ryby i inne wodne życie. Według Wielkich Jezior w Teach, biolodzy zadeklarowali jezioro Erie martwe jezioro w latach 60., ale było pełne życia. Problem polegał na tym, że był to niewłaściwy rodzaj życia, który spowodował zakłócenia w jeziorze spowodowane zanieczyszczeniem.
Toksyczne metale ciężkie są jednym z rodzajów zanieczyszczeń, które wpływają na jeziora i rzeki. Często metale ciężkie pochodzą z procesów przemysłowych, takich jak huty, które niegdyś otaczały wiele z Wielkich Jezior. Materiały te są toksyczne dla ryb i skorupiaków, ale mogą wpływać na resztę łańcucha pokarmowego, w tym na zwierzęta żyjące na lądzie, jak również na wodzie.
Bakterie i inne zanieczyszczenia ze ścieków wpływają na zdrowie organizmów żyjących w wodzie, a także tych, którzy ją piją. Czysta woda pitna jest problemem wielu zwierząt.
Bez zanieczyszczeń duże naturalne jeziora zawierają niewiele składników odżywczych dla roślin, a ich temperatury pozostają chłodne przez cały rok. Powoli rozpuszczają minerały z gleby i rozkładającą się materię roślinną potrzebną do zapewnienia odpowiedniego życia roślin dla łańcucha pokarmowego. Zanieczyszczenie zwiększa składniki odżywcze roślin w wodzie, podczas gdy odpady przemysłowe zwiększają swoją temperaturę. Wraz ze wzrostem niewłaściwego rodzaju wzrostu roślin zmniejsza się podaż tlenu. Poprawiając warunki dla niektórych gatunków, zanieczyszczenie wpływa na naturalną równowagę i piękno zarówno części wód, jak i środowiska.
