Kojot zjada pelikany, podobnie jak koty i ludzie. Mniejsze ssaki i ptaki, takie jak skunksy, mewy morskie i dzikie koty, polują na młode pelikany. Ludzie są także drapieżnikami pelikana, polują na ich pióra i jedzą mięso.
Pelikany to duży ptak, który sprawia, że stają się one twardą zdobyczą dla większości drapieżników w ich naturalnym środowisku. Z tego powodu większość zwierząt nie poluje na nie. Jednak ranny pelikan, który nie potrafi latać, jest łatwym łupem dla dzikich psów, dzikich kotów i większych ssaków.
Wraz z polowaniem na pelikany ludzie spowodowali spadek liczebności populacji pelikanów pestycydami, takimi jak DDT. Te pestycydy powodują, że jaja pelikanów pozostają niepłodne lub wylęgają uszkodzone pisklęta. Niektóre gatunki pelikanów są nadal zagrożone w Ameryce Północnej.
